天保15年（1844年）江戸に生まれる。 　津藩藤堂和泉守の落胤とも言われる。北辰一刀流目録の腕前。 　文久2年（1862年）頃、深川の北辰一刀流伊東道場で寄弟子となる。道場は伊東大蔵（のちの甲子太郎）が継いでいた。 藤堂は試衛館道場によく出入りしており、近藤と共に浪士隊に参加した。 　文久３年（１８６３年）、八郎が提案した幕府の「浪士組」結成に、試衛館天然理心流一門の近藤、土方、沖田らと共に参加し上洛した。しかし、八郎に意を表し、一門、芹沢一派らはそのまま京壬生に残ることとなる。一同は鵜殿鳩翁らの計らいもあって京都守護職で会津藩主・松平容保のお預かりとなり、ここに壬生浪士組が誕生した。

　　同年、８月１８日の政変でその存在を知らしめた彼らは、その日のうちに松平容保から市中見廻りの内命を受け、その通達の文書によって「新撰組」の名が与えられる。新選組八番隊組長となる。
　新撰組では副長助勤を務め、まっ先に闘いに飛び込むため「魁先生」と言われ、また「近藤の四天王」とも称された。池田屋事件では近藤らと斬り込み、眉間に傷を負っている。
　元治元年（1864年）9月近藤らに先がけて江戸に行き、伊東甲子太郎を勧誘した。
　慶応3年（1867年）3月10日伊東らと御陵衛士を拝命して新撰組から脱隊。この時、南部与七郎と改名した。しかし、11月18日、新撰組に暗殺された伊東甲子太郎の遺体を引き取りに行き、七条油小路で待ち伏せに合い斬殺された。享年24歳。

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